在初始設計中因進水水質較好，系統運行情況較為穩定，但隨著后續進水水質的變差，在系統無法進行預處理優化改進時，反滲透裝置產生了較為嚴重的運行故障。
產水量衰減速度較快，操作壓力及壓力差上升較快等。
由于預處理設備性能變差，使得出水的濁度、SDI值、COD值等嚴重超出進水水質要求。
CMF或UF膜絲斷裂；緩沖水箱細菌、微生物繁殖嚴重；多介質過濾器濾料亂層或偏流；活性炭過濾器內濾料粉化或微生物繁殖嚴重。
當保安過濾器出力增加時，濾芯易變形或過濾精度達不到要求，使得污染物直接進入反滲透裝置內部。
保安過濾器濾芯直徑偏小；濾芯質量較差，過濾精度達不到要求；濾芯壓不緊，且易變形。
阻垢劑作為反滲透安全穩定運行的“保護神”，因其出色的效果、低廉的運行費用而成為當前阻垢形式的主流，但在阻垢劑選型、投加及混合方面產生了許多問題。
阻垢劑的性能與水質不匹配；阻垢劑計量泵的性能不可靠；阻垢劑的過度稀釋；阻垢劑計量箱嚴重污染。
針對于不同的水質需要投加一定數量及類別的化學藥品以增加對原水的處理效果，但由于存在著各種原因，這些化學品的非正確使用及投加，有的會產生嚴重的后果。
不適宜的絮凝劑帶來嚴重的膜污染；氧化劑的過量投加引起膜氧化；還原劑的過量投加引起膜的嚴重污堵。
目前一般反滲透裝置上都采用進口數顯儀表，一些儀表在正確安裝的前提下，流量顯示的非常準確以及讀數穩定；但其它類型的數顯儀表在運行時數值波動的幅度比較大，特別是一些儀表具有參數設置的功能，顯示的產水量受到人為因素控制，這樣充當反滲透眼睛的儀表就會影響技術人員對反滲透的判斷。
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濃水流量顯示偏大（實際較小）引起反滲透回收率過高產生結垢；
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濃水流量顯示偏小（實際較大）引起反滲透回收率過低產生壓差；
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流量計讀數波動偏大，無法正確地按照10～15%的比例進行判斷。
反滲透裝置出現的各種問題比較多，一些系統在設計上就存在著缺陷，也有的在日常運行及維護過程中出現了部分偏差，引起了較為嚴重的運行隱患。
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在初始設計時高壓泵揚程選型偏低，在溫度或進水水質發生變化時引起產水量達不到設計要求；
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膜元件被氧化引起水通量的增加及產水水質下降；
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鹽水密封圈倒置或破損引起實際回收率過高而產生結垢及水質下降；
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O型圈破損引起產水水質下降；
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新舊膜元件、不同類型的膜元件的混合使用引起系統性能下降；
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壓力容器濃水止推環與濃水出口重疊或部分重疊引起回收率過高而產生結垢現象；
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壓力容器長度偏大引起濃水泄漏到產水側使產水水質下降；
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無段間壓力表無法可靠地分析與判斷反滲透運行情況；
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較大的壓差使膜元件產生望遠鏡效應而損壞；
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產水背壓的提高引起產水量的下降；
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反滲透排列不合理引起局部膜元件水通量增加，污染速度加快；
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反滲透回收率設計不合理，膜元件數量偏小；
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顆粒性污染使膜元件產生較為嚴重的機械污堵，一段壓差偏大，產水量及水質變差；
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系統停運所引起的污染物沉積及細菌、微生物污染。
